Исполнительным органом ГАУ ДПО ИРО РБ является руководитель образовательной организации - Шафикова Гульназ Радмиловна, ректор, доктор психологических наук, профессор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.
В ГАУ ДПО ИРО РБ сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание (конференция) работников образовательной организации, ученый совет, наблюдательный совет, их деятельность регламентируется уставом ГАУ ДПО ИРО РБ.
Институт развития образования Республики Башкортостан осуществляет повышение квалификации и профессиональную переподготовку педагогических работников, научно-исследовательское, научно-методическое обеспечение развития системы непрерывного образования в республике. Структура ГАУ ДПО ИРО РБ представлена 13 кафедрами (кафедра педагогики и психологии, кафедра истории, обществознания и культурологии, кафедра дошкольного и предшкольного образования, кафедра теории и методики начального образования, кафедра физики, математики и информатики, кафедра теории и методики преподавания биологии, химии и географии, кафедра русского языка и литературы, кафедра башкирского и других родных языков и литератур, кафедра теории и методики физического воспитания, основ безопасности жизнедеятельности и технологии, кафедра теории и практики управления образованием, кафедра коррекционной педагогики, кафедра среднего профессионального образования, кафедра иностранных языков), 8 центрами (Республиканский ресурсный центр системы образования, информационно-библиотечный центр, Региональный центр обработки информации, редакционно-издательский центр, центр аттестации педагогических работников, центр электронного образования, центр информационно-технического обеспечения, Уфимский региональный методический центр по финансовой грамотности системы общего и среднего профессионального образования) и 3 отделами (отдел организационной и кадровой работы, отдел бухгалтерского учета и отчетности, учебно-методический отдел).
